کنفرانس ملی زیست‌شناسی گیاهان دارویی

صفحه اصلی / دومین کنفرانس ملی زیست‌شناسی گیاهان دارویی

شناسایی میکروRNA ها و ژن های هدف آنها در گیاه آویشن دنایی

نویسندگان :

علی عباسی سرداری¹ مهدی منصوری² سارا السادات راهپیما³

1- دانشگاه شهید باهنر کرمان 2- دانشگاه شهید باهنر کرمان 3- دانشگاه شهید باهنر کرمان

کلمات کلیدی :

آویشن دنایی،بیوانفورماتیک،ترپن‌ها،متابولیت‌های ثانویه،میکروRNA

چکیده :

آویشن دنایی منبع غنی از متابولیت‌های ثانویه‌ای نظیر تیمول و کارواکرول است. در این پژوهش، ترنسکریپتوم برگThymus daenensis با استفاده از داده های توالی‌یابی RNA با استفاده از نرم افزار Trinity بازسازی شد. شاخص های کمیت و کیفیت ترنسکریپتوم بازسازی شده تعیین گردید. به منظور شناساییmiRNA ها از نرم افزار C-mii و دادگان بروز رسانی شده مربوطه انجام شد. همچنین ژن های هدف میکروRNAهای شناسایی شده با استفاده از نرم افزار آنلاینPsRNATarget شناسایی شد و با استفاده از دادگان مختلفی اقدام به ارزیابی نقش عملکردی ژن های هدف شناسایی شده در این تحقیق شد. نتایج نشان داد که پس از اعمال فیلترهای سخت‌گیرانه 48 میکروRNA در ترانسکریپتوم بافت برگ گیاه آویشن دنایی شناسایی شد. همچنین مشخص شد که%53/96 از miRNAها از طریق مکانیسم برش(Cleavage) و%47/3 از طریق مهار ترجمه (Translation Inhibition) بیان ژن های هدف خود را تنظیم می‌کنند. تحلیل مسیرهای زیستی در پایگاه KEGG، نقش کلیدی ژن‌های شناسایی‌شده در مسیرهای بیوسنتز ترپنوئیدها و ترکیبات فنولیک را تأیید کرد. ارزیابی عملکردی با NR وSwissProt نیز صحت داده‌ها را تقویت کرد.